ألّف السيد الموسوي في النجف كتاب "خلاصة الحساب" لكنه لم يُطبع بعد. وفي عام 1954م عاد إلى موطنه؛ ليبدأ نشاطه الديني والمذهبي، فانخرط مع أبيه من أجل نشر تعاليم أهل البيت في موتشي دروازه (Mochi Darwaza) في مدينة لاهور، واستمر بنشاطه هناك حتى نهاية عمره.
كان السيد الموسوي يجيد العربية والفارسية والأردية، كما كان يتقن اللغة البلتية وهي من اللغات المحلية في باكستان والهند، وكان بارعا في الخطابة، ويعتمد في خطاباته على الآيات والروايات وأشعار إقبال اللاهوري، مما دفع الشباب لمتابعة خطاباته، كما اهتمّ بإقامة درس الأخلاق للشباب في المساجد.
وإلى جانب نشاطاته الدينية والعلمية كان السيد الموسوي يمارس النشاطات السياسية أيضاٌ، فكان عضوا في الهيئة العليا لـ "تحريك جعفرية باكستان"، وأصبح في عهد المفتي جعفر حسين، والقائد الثاني للشيعة في باكستان الشهيد عارف حسين الحسيني، نائبا لرئيس الحزب حتى سنة 1986م، وكان النائب الأول للشهيد عارف الحسيني وأدى دورا كبيرا في بيان شخصيته في المجتمع الباكستاني.
كان للسيد الموسوي علاقات وثيقة مع الشخصيات السياسية والمذهبية والعلمية في باكستان، مثل صفدر حسين النجفي، ومولانا أظهر حسين الزيدي، والسيد محمد الدهلوي، وحافظ كفايت حسين، ومفتي جعفر حسين، والشهيد السيد عارف حسين الحسيني، والشيخ محسن النجفي والسيد ساجد علي النقوي، كما كان ناشطا في مجال الوحدة الإسلامية والتقريب بين المذاهب، فكان له علاقات حسنة مع علماء أهل السنة مثل رئيس حزب الجماعة الإسلامية الباكستانية أبو الأعلى المودودي، ومولانا عبد الستار خان نيازي، ومولانا أبو الحسنات، ومولانا قاضي حسين أحمد، ومولانا عبد القادر آزاد.
كان السيد الموسوي يعمل بدقة وإمعان نظر، فمثلا في عام 1986م عندما سافر آية الله الخامنئي رئيس الجمهورية الإيرانية آنذاك إلى باكستان، والتقى بضياء الحق رئيس الجمهورية في باكستان، صحبه السيد الموسوي، لكنّه تظاهر بوجع في يده، حتى لا يصافح ضياء الحق، فأعرب السيد الخامنئي عن استيائه من هذا التصرف، فأجابه السيد الموسوي بأنه يأبى مصافحة رجلٍ يداه ملطّختان بدماء الشهداء في كويته، وحبس بعض إخوانه في سجونه، فعلى أثرها طالب السيد الخامنئي بإطلاق سراح السجناء وتمّ بالفعل إطلاق سراحهم.
بعض نشاطاته السياسية والاجتماعية
*بعد وفاة آية الله السيد محسن الحكيم، قام السيد الموسوي بمساعدة السيد صفدر حسين النجفي، بترجمة كتاب توضيح المسائل للإمام الخميني، ونشره في مختلف المدن الباكستانية.
*بعد الثورة الإسلامية في إيران كان يدعو لإقامة مراسيم يوم القدس العالمي والخروج في المظاهرات ضد الاستكبار العالمي.
*أصدر مجلة الحبل المتين في باكستان لنشر الثقافة الإسلامية الأصيلة.
*لعب دورا مهما في تأسيس جمعية الطلاب الإمامية (بالأردية: اماميه استودنتس آرگنائزيشن).
*شيّد مدرسة العلوم الإسلامية وتولى إدارتها والتدريس فيها.
* أنشأ حسينية «مشن حسين آباد» ومؤسسة «درس وعمل لاهور».
*أسّس في عام 1974م مجلس العلماء الإمامية في بلتستان، واستطاع من خلاله أن يجمع شمل العلماء في تلك المنطقة.
*تمّ برعايته إنشاء جمعيات خيرية كجمعية آل عمران.
*إنشاء عدد من الحسينيات والمساجد والطرق.
*التعاون مع السيد صفدر حسين النجفي في إحداث مدرسة المنتظر في لاهور، ومدرسة الحيدرية، ومدرسة القرآن والعترة في مدينة سيالكوت، ومدرسة العلوم الإسلامية في مدينة فيصل آباد، ومدرسة العلوم الإسلامية في مدينة لاهور.
*إحياء المحكمة الشرعية في بلتستان، وإقناع الناس بمراجعتها بدلاً عن مراجعة المحاكم القضائية، وبسبب هذه المبادرة أعطته حكومة باكستان وسام الخدمة.
وفاته
توفي الآغا علي الموسوي في 30 جولاي 2012م، المصادف للعاشر من رمضان عام 1433 هـ عن عمر ناهز 82 عاماً، ودفن في «حسين آباد سكردو» في بلتستان.