امام باقر (ع) نقش بسیار پررنگی در وحدت مسلمانان داشت به طوری که از پیروان خود می‌خواست که در نماز پیروان سایر مذاهب شرکت کنند و به آنان احترام بگذارند.

حجت الاسلام دکتر براتی گفت: امام باقر (ع) نهضت جدید «جدال الأحسن» را آغاز کرد که در آن مباحثات و مذاکرات نیکو بر اساس کلام و عقاید جریان داشت، که این جدال احسن در دوران امامت فرزندان ایشان یعنی امام رضا و امام جواد (علیهما السلام) به اوج خود رسید.